วันที่ 2 กันยายน พ.ศ. 2548 พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยนครพนม ได้ประกาศในพระราชกิจจานุเบกษา กฎกระทรวง จัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนครพนม กระทรวงศึกษาธิการ จำนวน 10 หน่วยงาน มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ซึ่งสำนักงานอธิการบดีเป็นหนึ่งหน่วยงานตามประกาศ และในปี พ.ศ. 2551 ได้มีพระราชกิจจานุเบกษา  ประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่องการแบ่งส่วนราชการ ในมหาวิทยาลัยนครพนม พ.ศ. 2551 ให้แบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดี ดังนี้
     1. กองกลาง
     2. กองนโยบายและแผน
     3. กองพัฒนานักศึกษา
     4. กองส่งเสริมวิชาการและงานทะเบียน